幕府时代中期，德川中央财政日渐亏空。贪婪的统治者为了聚敛钱财，不惜大肆剥削地方大名的财产和土地。为达到监控大名的目的，幕府向地方派出众多有着“暗影”之称的密探。地方不胜其扰，于是联合其他诸藩聘请有着“暗影猎人”之称的绝世高手狙击这群来自中央的恶徒。室户十兵卫（石原裕次郎 饰）、“日光”干武之进（内田良平 饰）、“月光”日下弦之助（成田三樹夫 饰）三人皆因幕府和暗影成为无主可依的浪人，出于对幕府的憎恨，他们结成了暗影猎人三人组。但马国出石藩新发现的矿藏，引得幕府垂涎，幕府为此奸计百出，而十兵卫率领的暗影猎人和暗影集团的战争也愈演愈烈……